في إطار الخطة القومية لتطوير التعليم العالي، قد أصدر أ.د/ وزير التعليم العالي قرار رقم 300 بتاريخ 13/3/2003م بإنشاء وحدة إدارة مشروعات تطوير التعليم العالي بالوزارة. وفى أولى إجتماعات مجلس إدارة الوحدة والمنعقد بتاريخ 7/6/2003م تم التوصية بأن يكون لكل جامعة مصرية وحدة لإدارة مشروعات التطوير وأن يكون لها هياكل محددة ثابتة ضمن الهيكل التنظيمي للجامعة. وبناءا عليه، تم إنشاء وحدة إدارة مشروعات تطوير التعليم العالى بجامعة بنها بقرار رقم 12 بتاريخ 1/8/2005م لتكون نواة إتصال بين وحدة إدارة مشروعات تطويرالتعليم العالي بالوزارة و الجامعة.